合伙企业持股模式里，实控人不直接持有核心公司股权，而是通过合伙企业间接控制核心公司。
一、合伙企业持股模式下的涉税政策
合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。
合伙企业不缴纳所得税，由合伙人根据分配的所得各自纳税，但仍存在针对合伙企业的特殊税务政策。
（一）股息红利分红
根据《国家税务总局关于<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》（国税函[2001]84号）第二条规定：“个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。”
自然人合伙人对股息红利按照“利息、股息、红利所得”缴纳个人所得税。西岳公司分回的股息红利能否适用企业所得税免税政策？根据企业所得税政策规定，居民企业直接投资于其他居民企业取得的股息红利免征企业所得税。合伙企业间接投资其他居民企业，而非直接投资，适用免税政策难度较大。
（二）合伙企业转让股权
合伙企业转让股权，合伙人是按照“财产转让所得”还是“生产经营所得”缴纳个人所得税，实务中存在争议，主流观点是生产经营所得。
国家税务总局2018年第三季度政策解读现场实录：按照现行个人所得税法规定，合伙企业的合伙人为其纳税人，合伙企业转让股权所得，应按照“先分后税”原则，根据合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定合伙企业各合伙人的应纳税所得额，其自然人合伙人的分配所得，应按照“个体工商户的生产、经营所得”项目缴纳个人所得税。
《国家税务总局稽查局关于2018年股权转让检查工作的指导意见》（税总稽便函[2018]88号）第一条（一）：”关于合伙企业转让股票收入分配给自然人合伙人(有限合伙人)征收个人所得税的意见。检查中发现有些地方政府为发展地方经济，引进投资类企业，自行规定投资类合伙企业的自然人合伙人，按照 "利息、股息、红利所得 "或 "财产转让所得 "项目征收个人所得税，税率适用 20%。现行个人所得税法规定，合伙企业的投资者为其纳税人，合伙企业转让股票所得，应按照 "先分后税 "原则，按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定合伙企业投资者的应纳税所额，比照 "个体工商户生产经营所得 "项目，适用5%-35%的超额累进税率征税。地方政府的规定违背了《征管法》第三条的规定，应予以纠正。
《财政部国家发展和改革委员会国家税务总局中国证券监督管理委员会关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税[2019]8号）第二条：“创投企业选择按单一投资基金核算的，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税。创投企业选择按年度所得整体核算的，其个人合伙人应从创投企业取得的所得，按照‘经营所得’项目、5%-35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。”
二、合伙企业持股架构利弊
（一）合伙企业持股架构优点
1.有利于创始人把握控制权。传统的公司，大股东出资最多，话语权最大，重大决定需要股东大会进行商议和表决，大股东的权利非常大。但在合伙企业中，创始人资金少，但是专业能力、管理能力非常强，可以承担起管理公司的责任。出资多的合伙人，可能并不愿意也不适合管理公司，不需要管理权。有限合伙企业正好满足这一需求，普通合伙人出资少，但是拥有管理权，有限额合伙人出资多，希望获取财务收益。
岳先生与其他合伙人成立的五岳企业，岳先生出资少，但是作为普通合伙人享有管理权，其他合伙人出资多，但不参与管理，有效解决岳先生引入投资又不丧失控制权的困扰。
2.税收优惠。部分地方政府为了招商引资，常常会给入驻园区的企业一系列税收优惠政策，主要是核定征收和税收返还，这类地区通常称为税收洼地。
核定征收通常是纳税人财税不规范导致无法确定应纳税额时，税务机关采取的征收方式。税收返还一般都是“先征后返”，由企业在当地缴纳完税收后，地方政府再对企业进行一定比例的返还奖励。实务中很多地方政府对不符合政策的企业核定征收，税收返还过程中不合法不合规，变相导致国家税源损失。2024全国审计工作会议提到，将严查招商引资税收洼地和违规返税乱象，计划利用税收洼地规划股权结构的想法要慎重了。
（二）合伙企业持股架构缺点
1.损害有限合伙人权益。五岳合伙企业事务由普通合伙人岳先生执行，而左某、令某等有限合伙人不执行合伙事务。岳先生相当于能够完全控制合伙企业，这对于有限合伙人来说是风险，高度集权的制度极易损害有限合伙人的利益。
2.税收困境。合伙企业持股模式与自然人持股、有限公司持股模式相比，不具有税收优势。当五岳公司分红时，五岳合伙企业的自然人仍按照20%缴纳个人所得税，而西岳公司难以享受居民企业免税，与有限公司持股模式相比处于劣势。当五岳合伙企业转让五岳公司股权时，五岳合伙企业的自然人需要按照生产经营所得缴纳最高税率为35%的个人所得税，与自然人直接持股处于劣势。
三、合伙企业持股架构的适用情形
1.钱权分离的公司治理结构。在这类公司中，创始人往往拥有专业的知识技术、独特的眼光、优秀的管理能力，但缺乏公司发展所需的资金。而资金富裕的投资人，没有兴趣也没有能力管理公司，只想通过投资获取财务收益，这种钱权分离的模式正好满足他们的需求。
2.短期套现的财务投资人。财务投资人关心更多的是投资风险多大？投资收益多少？当公司正常运转之后，投资人希望在高点变现。有限合伙企业转让股权较流程简单，有限合伙人未执行合伙事务，避免管理责任纠纷，部分税收洼地可以节省转让税费。
3.员工持股。当公司对员工股权激励，又担心稀释控制权，可以采用合伙企业持股模式，同时该模式也便于股东的进入和退出。
